经济学博士学位是一个为期 4 年的课程，专为希望获得国际科学界经济学研究和分析技能的高素质和积极性的学生而设计。该项目是与 UCA-蔚蓝海岸大学（法国尼斯）密切合作提供的，并且还与斯特拉斯堡大学（法国）和 IMT-School Lucca 签订了学生和教师交流协议。学生参加为期一年半的强化课程，其中一部分（2-3 个月）在 UCA 举办。培训期结束后，学生将继续进行监督研究工作，产生原始论文，并在最终的公开考试中进行讨论。期望学生发表可在国际期刊上发表的文章。
博士生将接触到生动的研究环境，并参与 Scuola Sant'Anna 经济研究所正在进行的各种研究活动（研讨会、会议、研究项目）。
该计划也是大型国际机构和学者网络的一部分，支持研究生和教师的交流。
至少 4 项奖学金，为期 4 年，其中：
- 3 个职位由 Scuola Sant'Anna 资助
- L'EMbeDS 项目资助的 1 个职位
根据外部资金情况，在计划开始前可能会提供更多职位
奖学金将在整个博士课程期间有效，每年在入学下一年时经各个课程的咨询委员会批准确认。博士奖学金按照排名顺序颁发，但与特定主题或研究项目相关的奖学金除外，这些奖学金可能颁发给评选委员会确定的第一个合格候选人。
每位学生的年度预算包括 16,243.00 欧元的奖学金（机器人和新兴数字技术博士课程为 18,800.00 欧元），包括受奖人应缴纳的社会保障费（按月分期支付）和每年 2,200 欧元的住房补助。
奖学金不得以任何理由与其他奖学金合并使用，除非是国内或国外机构颁发的奖学金，旨在通过出国访问补充学生的研究活动。之前已在意大利获得博士学位奖学金的博士生，即使是部分获得，也没有资格获得其他博士学位奖学金。
培训涵盖了传统的经济分析领域（微观、宏观、计量经济学），但也提供了独特的机会来学习和参与标准博士课程中经常被忽视的研究领域。根据圣安娜经济研究所及其附属机构的核心研究兴趣和专业知识，高级和现场主题包括：经济变化的进化视角、企业-行业动态、创新经济学、基于代理的计算经济学、经济网络和复杂性、经济史和经济思想史，以及用于分析大数据和经济动态的广泛定量工具。
博士学生可以使用 Scuola 图书馆、经济研究所和卓越部 EMBEDS 的计算基础设施提供的研究设施（软件、硬件、数据）。
课程分为 6 个主要模块（课程大纲可在此处查看）：
- 社会科学数学
- 统计和计量经济学
- 个体经济学
- 宏观经济学
- 经济思想史和经济史
- 高级课程
每个模块都分为几门课程，必须参加和期末考试。
一些课程分配给外部专家，而内部学院则积极参与反映圣安娜经济研究所和相关合作伙伴（IUSS-帕维亚、UCA-尼斯、IMT-卢卡、斯特拉斯堡）专业领域的课程。
以下是最近学年安排的模块/课程列表（基本上每年都会重复，并进行小幅调整）：
社会科学数学：
- 高等数学（20 小时）
- 静态和动态优化（20 小时）
- 马尔可夫过程（15 小时）
计量经济学：
- 计量经济学（30 小时）
- 时间序列（20 小时）
- 微观计量经济学（20 小时）
微观经济学：
- 消费与生产（15小时）
- 部分/一般均衡和市场失灵（15 小时）
- 信息和不确定性（10 小时）
- 博弈论（20 小时）
- 产业组织（15小时）
宏观经济学：
- 经济周期理论（15 小时）
- 成长理论（15 小时）
- 代理宏观经济学（15小时）
- 高级增长：理论与事实（15 小时）
经济思想史和经济史：
- 经济史概论（20 小时）
- 经济分析史（15 小时）
高级课程@Sant'Anna-Pisa：
- 基于代理的计算经济学简介（10 小时）
- 基于主体的宏观经济学（25 小时）
- 宏观计量经济学中的因果关系（12 小时）
- 金融经济学（20小时）
- 创新经济学（30 小时）
- 创新和产业动态的进化基础（20 小时）
- 企业与行业动态（25 小时）
- 高级一般平衡（6 小时）
- 非参数统计（12 小时）
- 大型、复杂数据的统计方法（12 小时）
高级课程@UCA-Nice：
- 先进的工业动态和创新（40 小时）
- 国际贸易（15小时）
- 技术差距贸易（6 小时）
- 劳工与技术（15 小时）
- 货币经济学主题（20 小时）
- 组织理论（10 小时）
- 实验经济学概论（20 小时）
- 高级计量经济学 I - 因果推断（10 小时）
- 高级计量经济学 II - 高级面板方法（10 小时）
- 经济学的复杂性（10 小时）
- 经济和金融网络（15 小时）
- 不平等和收入分配（10 小时）
- 经典发展理论（10 小时）
- 制度和经济政策主题（10 小时）
年内可能会激活其他模块。
从 2017/18 学年开始，部分高级和实地课程将在法国尼斯蔚蓝海岸大学举行，学生在第二年开始时将在那里学习大约两个月。在尼斯教授的课程模块包括高级工业动态和创新、国际贸易、劳工与技术、实验经济学导论、经济学的复杂性、货币经济学主题、经济和金融网络、高级计量经济学、不平等和收入分配、古典发展、制度和经济政策主题。
目前，课程协调员和联系人为 Giulio Bottazzi 教授和 Daniele Giachini 博士（数学）、Laura Magazzini 教授（统计和计量经济学）、Giorgio Fagiolo 教授和 Daniele Moschella 教授（微观）、Andrea 教授Roventini 和 Francesco Lamperti 博士（宏观）、Alessandro Nuvolari 教授（历史和经济思想史）、Federico Tamagni 教授和 Maria Enrica Virgillito 博士（高级和领域）。
该计划主要面向愿意从事学术职业的学生，但也提供在公共和私人研究机构工作的专业研究技能。前博士生现在在意大利和国际知名大学（巴黎索邦大学、乌得勒支大学、纽约大学、纽约新学院、巴黎政治大学、斯特拉斯堡大学、米兰卡托利卡大学、 CNR Florence）、机构（UN-ECLAC、欧洲央行、意大利银行、STATEC-卢森堡、OECD-巴黎、JRC-塞维利亚、意大利经济和财政部）以及私营部门（UBS）。