医学微生物学正在逐步发展与许多临床专业密切合作的医学学科，例如重症监护医学、移植学、外科）。出于诊断目的，使用了先进的分子遗传学和蛋白质组学技术。当前医学微生物学的基本目标是了解病原体与宿主之间的相互作用，即了解传染病的发病机制。该研究还侧重于开发新的诊断程序、有效的治疗方法、传染病的流行病学等。 没有专业化的研究计划。

研究生掌握分子生物学和遗传学、基因工程、群体遗传学和显微镜学的基本方法论，能够在研究、临床实践或教育中实践、应用和解释。毕业生对用于评估结果的基本统计方法有一个总体概述。毕业生展示了独立、创造性和团队科学工作的能力，能够处理和解释结果，并能够在科学论坛上以捷克语和英语展示这些结果。毕业生完全熟悉科学工作的伦理规则、规则和与结果解释、患者数据处理和转基因生物 (GMO) 相关的伦理规则、动物保护免受虐待的原则以及工作与他们和谐相处。

该计划包括普通和特殊骨科，包括。同种异体成形术、脊椎外科、关节镜检查、小儿骨科和运动系统创伤学。骨科是一门外科学科，涉及先天性或获得性疾病、畸形和功能问题（创伤性和非创伤性）肌肉骨骼系统的诊断、预防和治疗。 没有专业化的学习计划。

病理学研究计划主要包括以下主题：癌症中形态学和分子发现的相关性，特别参考鉴别诊断，致癌过程中病毒和细菌病原体的检测方法，以及血液肿瘤学、头颈病理学中的临床病理学相关性，唾液腺肿瘤学、泌尿生殖道、呼吸道和胃肠道的病理学和肿瘤学。该研究计划强调对了解甚少和新认识的肿瘤实体的描述，以及 该研究计划没有专业化。

该计划侧重于全方位的心血管研究。临床领域包括心脏病学、儿科心脏病学、心脏外科、血管学、血管外科、血管神经学——以及相关的理论和临床前学科。他们涉及心血管研究的部分 - 解剖学、生物学、胚胎学、组织学、生理学和病理生理学、医学化学和生物化学、病理学、药理学、微生物学、医学免疫学、预防医学和流行病学）。 该计划是在没有任何专业化的情况下进行的。

该计划培养毕业生成为在生物技术、生物工程和食品科学方面具有高水平知识的专家，重点是食品质量和安全。该计划的广泛设计结构 - 以及化学、生物和工程教育之间的有意联系 - 为毕业生提供了广泛的职业选择。该计划扩展和加深了在生物化学、有机和物理化学、生物学、微生物学、食品技术和分析以及生物技术和生物工程基础知识方面获得的学士学位。学生可以通过正确选择选修课程磨练他们的专业知识。

研究计划的专业概况是代谢的临床营养。它建立在基础医学教育和硕士学习计划营养专家（临床营养治疗师）的基础上，该计划获得了学院的认可。 营养和代谢科学博士课程的目标是培养对营养和代谢有深入了解的专家。这包括来自临床营养、饮食、代谢、营养物的生理和病理生理作用的广泛领域的知识，包括对其特性的深入了解。

学习计划符合欧盟关于药剂师高等教育的指令 2005/36/EC，毕业生有资格从事该指令中列出的药剂师活动 (1) 医药产品的药物制剂的制备。 (2) 医药产品的制造和检验。 (3) 在医药产品检测实验室进行医药产品检测。 （四）批发阶段药品的储存、保鲜和配送。 （五）向公众开放的药店的药品制备、检验、储存和供应。 （六）医院药品的制备、检验、贮存和调配。 (7) 提供有关医药产品的信息和建议。

兽医生态和野生动物疾病的博士研究计划是一个以学术为重点的研究计划，与当前的科学现状和水平以及欧洲的实践需求相对应。博士生研究兽医生态与野生动物疾病的毕业生通过独立的创造性活动和研究领域的新科学知识获得了深入的理论知识和实践技能。毕业生可以在国际上和公开场合积极分享他们在学习领域的知识。基于此资格，毕业生主要在研究机构和大学工作。

布拉格查尔斯大学第二医学院的综合医学博士学位与捷克共和国和国外的其他医学院相当。优点是您可以在儿科领域获得更深入的知识。理论和临床前领域的研究以讲座，研讨会和实践练习的形式进行。学生们从第一年的学习中了解了慢性病患者的问题。临床科目以块为单位进行。

博士 (Ph.D.) 学位课程名为“医学成像方法”，涵盖生物和医学图像分析的各种定性和定量方法。还强调新成像技术和程序的研究和开发，以及数据的分析、处理和解释，包括人工智能。该学位课程与分子生物学、分子成像、放射学、核医学、病理学以及生物医学的许多其他基础和临床领域密切相关。标准学习时间为四 (4) 年。该计划无需任何专业化即可完成。

该学习项目为学生提供微生物学的高级理论和实践知识。学生采用当前的微生物学、分子生物学、生物信息学、生物化学、分析和生物物理方法来研究微生物。研究的主要领域包括微生物细胞的生理调节，涉及 1) 抗菌化合物的产生和抗药性机制 2) 感染性疾病的发病机制 3) 微生物与其环境的相互作用。研究还针对微生物群落在生物地球化学循环（包括生物修复）中的生物降解能力。该项目无需任何专业化即可进行。

生物化学和病理生物化学博士研究课程涉及生物分子及其构成单元在健康和疾病中的化学和生物学特性。该课程涉及它们的相互转化、它们在调节生理过程中的作用以及它们的疾病。一项重要任务是研究生物膜、亚细胞成分（细胞器）、能量转换以及细胞外基质和第二信使在细胞调节中的作用。该分支还关注自由基在致癌和动脉粥样硬化形成中的作用。该研究计划与分子生物学和遗传学以及许多基础和临床生物医学领域密切相关，尤其是临床生物化学。该课程无需任何专业化即可进行。

“预防医学和流行病学”博士研究计划使用循证医学的原理来评估各种因素（物理、化学、环境、生物）对个人和人口层面的人类健康的影响，以确定可能的预防方法。该计划整合了毒理学、分子生物学、免疫学等领域的知识和方法，包括临床导向学科。该计划为医学预防学科（例如公共卫生、流行病学和生物统计学）提供了理论基础。该计划无需任何专业化即可进行。

神经科学研究计划涉及神经组织（中枢和外周）的生理状态和疾病、基础研究和临床应用研究的各个方面。研究计划包括以下部分：神经解剖学、神经生理学、神经遗传学、神经病理学、神经内科、精神病学、神经外科、神经药理学、神经康复、神经影像学。研究的目标是让学生获得整个神经科学领域的知识、独立进行科学工作的能力、独立研究的能力（包括在具有明确影响因子的科学/专业期刊上发表研究成果），所有这些都与神经组织及其生理学和病理生理学以及临床研究有关。该课程无需任何专业化即可完成。